对操纵行为本质的界定，对厘清具体行为的认定及法律的适用有重要作用。目前学界主要分为支持和反对“欺诈”理论两种观点。

支持“欺诈”理论者认为, 操纵证券、期货行为的本质在于通过利用资金信息等优势或滥用职权，操纵市场、制造证券市场假象, 如交易量假象、价格假象、信息假象等，诱导或者致使投资者在不了解事实真相的情况下作出证券投资的决定, 从而使其获得利益或者减少损失的行为。金融欺诈可以分为非法占有的金融欺诈和虚假陈述的金融欺诈，前者以非法占有财物为目的，在金融业务活动中虚构事实或者隐瞒真相并非法占有财物；后者以非法获取利益为目的，违反金融法规，在金融业务活动中虚构事实或者隐瞒真相，以非法获取利益。证券欺诈即属后者。

反对“欺诈”理论者认为，操纵证券、期货市场行为直接指向的对象并非其他投资者, 而是证券、期货市场本身。所谓“操纵”指的是发生在证券、期货市场的垄断行为, 该行为因非法控制证券、期货市场的交易价格和交易量, 对正常的证券、期货市场秩序和投资者的合法权益造成破坏和侵害。学者认为，欺诈的刑事违法性本质源自行为道德上的可谴责性或者罪错性。而操纵证券市场罪作为典型的法定犯，其犯罪性是由法律规定的，如果将操纵证券市场的本质归为欺诈，则“等于将市场操纵等资本市场犯罪刑事责任的根基回归至与传统财产犯罪相一致的道德谴责与否定”。此外，在刑法条文中，本罪名被置于第三章第四节破坏金融管理秩序罪而非该章第五节的金融诈骗罪中，也体现了法律对其本质的认定倾向。再从本罪的兜底条款看，“以其他方法操纵证券、期货市场的”，兜底条款意在体现罪的本质，此罪的兜底描述并没有像诈骗类犯罪的兜底条款体现为“以其他方法骗取他人财物”，因而，即使行为人在操纵中实施欺诈行为，但其只是为实现操纵的结果而采取的手段。

三、操纵证券、期货市场罪认定难点

现行法律、司法解释对本罪的行为采取“列举+兜底”的立法模式，但随着科技手段的发展、市场多样化等各种变量，有越来越多的新型市场操纵手段，认定其是否属于操纵行为存在困难。如，“抢帽子”的交易方式，对其是否属于“以其他方法操纵证券市场”，曾引发理论界实务界的激烈讨论。

本罪中的操纵手段网络化、智能化、无纸化，行为隐蔽取证困难。不管行为人采取何种操纵方法，其买入和卖出证券的行为都是通过公开的证券交易所完成，这与大量普通投资人的交易行为处于同时进行中，躲在正常的证券交易形式下，其极易避开监管，使得证据难以被发现。

证券类犯罪专业性强,操纵方法多样化，监管难度大。操纵证券、期货市场犯罪分子往往具有较深的专业背景,熟悉资本市场运行规则和信息技术,通过公司化“流水线作业”,利用资金优势、信息优势、联合“黑嘴”荐股等手段操纵证券、期货市场。

本罪主观方面认定困难。操纵行为一般是通过互联网或移动互联网的形式远程进行，很难收集到客观证据与讯问笔录相佐证，行为人是否具有“操纵”的故意难以了解。