一、关于本罪主体的证据
本罪的主体为一般主体，年满16周岁、具有刑事责任能力的自然人或者单位都可以成为本罪的主体。具体证据参见“关于犯罪主体的证据审查”之“一、证明自然人犯罪主体的证据”以及“二证明单位犯罪主体的证据”的相关内容。
关于本罪主观方面的证据、
(一)犯罪嫌疑人、被告人的供述和辩解
证实:
1.作案的动机、目的，对后果的认识程度、主动程度;
2.犯罪起意的过程，有无策划、策划的具体内容;
3.对经营活动的性质、是否需要经国家有关部门批准、许可等是否存在明确认识;
4.共同犯罪的策划、分工的时间、地点、内容，以及每个人的相对应的犯罪行为。此外，为准确认定是否是共同犯罪以及在共同犯罪中每一犯罪嫌疑人、被告人是否具有共同非法经营的故意，应查明:
(1)事先有无预谋策划，有无事先或事中达成默契。单位犯罪以及犯罪集团、犯罪团伙成员之间，是否存在明确的共同非法经营故意;
(2)有无持不同意见或反对意见者。对于未表示反对或同意意见者要重点讯问其在案发前、案发时、案发后的语言和行为表现;(3)分赃和赃物去向情况，以此判明各犯罪嫌疑人、被告人的主观目的。
(二)证人证言
1.从事非法经营的行为人或单位的财务人员、主管人员等员工的证言，证实其了解的犯罪经过、犯罪手段等，从而反映行为人主观故意;
2.知情人证言，证实行为人主观上明知所经营的业务需要经国家有关部门批准、许可而未经批准、许可，擅自经营。
(三)为进一步印证或推定行为人的主观故意，应收集以下间接证据
1.从事非法经营的行为人或单位的营业执照、工商登记资料等书证，证明其行为是否违反了许可经营制度;
2.收集犯罪嫌疑人、被告人前科劣迹、社会生活经验、取得资格证书及履历方面的证据，对证明其非法经营故意亦有一定的辅助作用。
(四)对单位犯罪，应收集的主观方面的证据
单位犯罪的，需要通过收集和提取单位的法定代表人、直接主管人员和其他直接责任人员的供述、单位集体讨论记录、有关负责人签署的文件、单位的财务账目等书证及相关证人证言等证据材料，以证明非法经营的行为系由单位集体研究决定，或者由单位的负责人或被授权的其他人员决定、同意的。
(五)证明直接负责的主管人员和其他直接责任人员犯罪主观方面的证据
1.行为人有关非法经营的动机、目的以及共同犯罪的预谋时间、地点、参与人、分工、经过的供述和辩解;
2.有关行为人故意违反国家有关经营活动需要经有关部门许可、批准的国家相关规定方面的证据，包括犯罪嫌疑人、被告人的供述和辩解，参加集体研究的人员的证言及物证、书证等。
通过上述证据，证实行为人主观上明知所经营的业务需要经国家有关部门批准、许可而未经批准、许可经营，符合非法经营罪的主观要件。共同犯罪的每一行为人在主观上都必须明知自己的行为是在共同犯意支配下的共同犯罪行为的组成部分。单位犯罪的主观故意具体表现为单位领导人或者单位决策机构集体讨论作出的决定，代表单位意志而不是个人意志。
三、关于本罪客体的证据
通过犯罪嫌疑人、被告人供述和辩解、证人证言、物证、书证、视听资料、电子数据等证据，证实行为人的行为违反国家经营许可制度，侵犯了国家对市场的管理秩序，即国家通过对市场进行依法管理所形成的稳定、协调、有序的市场运行状态。
四、关于本罪客观方面的证据
(一)犯罪嫌疑人、被告人的供述和辩解证实:
1.实施非法经营行为的起止时间、经营地点;
2.实施非法经营行为的参与人、合伙人;
3.实施非法经营行为的方法、手段;
4.非法经营的业务种类。是香烟等专营、专卖物品，还是证券、保险、电信等业务;
5.实施非法经营行为的物品数量、销售渠道、销售数额、盈利数额，以及是否达到立案、情节严重、情节特别严重的数额标准;
6.共同犯罪的起意、策划、分工、实施等情况，查明每一个犯罪嫌疑人、被告人在共同犯罪中的地位和作用;
7.具体、详细的犯罪经过;
8.非法经营活动是否曾受到行政处罚，包括处罚时间、地点处罚种类和金额等。
(二)证人证言
1.具体销售人员证言。证实:
(1)其与行为人的关系;
(2)是否明知行为人没得到国家有关部门批准、许可而经营有关物品或业务;
(3)非法经营的时间、地点、数量、价格、销售渠道、销售数额、盈利数额等
2.非法经营单位或相关交易单位的财务人员、主管人员、经手人员等的证言。证实非法经营的情况，具体内容同上。
3.其他知情证人证言。证实所知悉的非法经营的有关情况。
(三)物证、书证
1.被查获的非法经营物品，如香烟等;
2.实施非法经营的作案工具，如机器设备等;
3.赃款;
4.书信、日记、邮件、短信、微信等，证实行为人实施非法经营行为的时间、地点及经过等情况;
5.合同、收据、借条、欠条、发票等，证实与非法经营有关的情况;
6.股票、保险单、期货合同及其交易记录等，证实非法经营的种类、过程及经营额等情况;
7.相关的账册、记账凭证、支票、本票、汇票存根等，证实非法经营的销售数量、价格、金额、时间等;
8.被行为人买卖的进出口许可证、进口原产地证明以及其他法律、行政法规规定的经营许可证或者批准文件，如矿产开采许可证、野生动物狩猎许可证等;
9.非法经营人(单位)的营业执照，或者工商等部门出具的证明材料，证明行为人实施非法经营的单位系虚构，或者是假冒其他单位或他人的名义，以及被假冒的单位出具的证明材料，证明本单位并没有经营过相关业务;
10.有关国家机关出具的证明材料，证实行为人实施的经营活动未经其许可、批准;
11.有关国家机关对非法经营活动作出的处罚决定书、缴纳罚款通知单等。
(四)鉴定意见
1.司法会计鉴定意见、审计报告，证实非法经营的数量、价格、销售数额、盈利数额等;
2.文检鉴定，证明有关书证上的笔迹、印鉴的真伪及许可证和批准文件等是否系伪造等。
(五)现场勘查笔录、照片
证实销售现场、营业现场、仓储现场等情况。
(六)视听资料、电子数据
包括录音、录像等资料以及电子数据资料等
(七)其他证明材料
1.目击证人辨认犯罪嫌疑人或物证的笔录;
2.犯罪嫌疑人、被告人和证人指认现场笔录;
3.搜查笔录、扣押物品清单及照片，证实查获的作案工具及调取的相关物证;
4.起赃笔录、退赃笔录、收缴笔录，证实有关起、退、收缴赃款赃物的情况;
5.报案登记、立案决定书及破案经过等书证，证实案件来源侦破经过以及犯罪嫌疑人是否有自首情节等
通过上述证据，证实行为人未经有关国家部门批准、许可，擅自经营需要经国家有关部门批准、许可的业务以及其他严重扰乱市场秩序的非法经营行为。
五、其他需要注意的问题
本罪在收集、审查、认定证据中应注意以下几个问题:
(一)经营行为
构成非法经营罪的行为应为扰乱市场秩序的“经营行为”，而不是其他行为，具体而言，一是经营行为的内容是提供商品或者服务;二是经营行为的目的是为了营利，即提供商品或者服务的目的是为了赚取利润;三是经营要具有一定的市场性和持续性，即经营活动系面向市场开放。具体包括:《刑法》第225条规定的三种情况及《刑法修正案》第8条、《刑法修正案(七)》第5条规定的情况，即未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或其他限制买卖的物品;买卖进出口许可证、进出口原产地证明以及其他法律、行政法规规定的经营许可证或者批准文件;未经国家有关主管部门批准;非法经营证券、期货或者保险业务，或者非法从事资金支付结算业务;其他严重扰乱市场秩序的非法经营行为。如果行为人没有实施上述四种非法经营行为，则不构成本罪。
(二)对象方面
只有未经许可经营国家规定的专营业务才可能成为非法经营行为，国务院部门规章和地方规定的需批准或许可的经营业务则不属此列。
(三)犯罪情节
本罪要求必须“情节严重”，情节严重的认定主要依据非法经营的数额或非法获利的数额，同时参考其他严重情节。具体标准参见相关司法解释。
